In 1578 wordt de katholieke stadsregering van Amsterdam afgezet. Er komt een gereformeerd stadsbestuur voor in de plaats. Het gevolg van deze verandering (Alteratie) is dat de Gereformeerde Kerk vanaf dat moment de enige kerk is, die zich publiekelijk mag manifesteren. Katholieke kerken en kloosters worden in beslag genomen door nieuwe functies. De Oude Kerk wordt een protestantse kerk.